В Impossible Mission II добавлены новые приключенческие элементы, новые враги и опасности. Секретный агент под кодовым именем 4125 должен проникнуть на вражескую базу, найти коды от трех башен и получить звуковую кодовую последовательность.

Как и в оригинале, элемент исследования смешивается с элементами стелса и платформера. В некоторых местах можно найти коды доступа к секретным комнатам, а также визуальные подсказки в столах, шкафах и на книжных полках. Коды доступа можно ввести в терминал, открывающий дверь.