Шреддер бросил вызов черепашкам ниндзя, которое было адресовано им в письме, найденном в канализации. Главный противник зеленых, требовал встретиться на улицах Манхеттена и провести бои, для выяснения сильнейшего бойца.

Черепашки Мутанты Ниндзя — Бойцовский турнир это игра в жанре драки, которая предлагает выбрать бойца из шестерки отважных бойцов: Леонардо, Рафаэль, Микеланджело, Донателло, Кейси Джонс (друг черепашек, в хоккейной маске и клюшкой в качестве оружия), Хотхэд (дракон самурай), — которые будут проводить бои за звание чемпиона сражения.

В настройках можно выставить сложность противников (легкая, средняя, сложная), скорость проведения боя (обычная или турбо), а также время проведения боя (45, 60, 99, бесконечное), для создания оптимальной нагрузки сражения.

Основные удары, были ограничены, возможностями джойстика Денди (NES), который имел две активные  кнопки, и крестовину движения (которая используется для дополнительных движений). Прямой удар рукой, апперкот, удар ногой, захват, множественные удары ногой (или рукой), блок (активируется при движении назад), бег (с разными вариантами нанесения совместных ударов) — это те самые стандартные удары, присущие, практически каждой игре в жанре драки. Каждый из бойцов, по мимо стандартных ударов, обладает специальными техниками нападения: Леонардо (наносит множественные энергетические удары ногой, вокруг своей оси), Рафаэль (может совершать таранящее движение в полете, при помощи двух ног), Микеланджело (совершает резкий прыжок по диагонали, с сильным ударом ног), Донателло (совершает прыжок вверх и резко опускается вниз с кружащими ударами ногой), Кейси (создает под собой мощный ураган или совершает удар клюшкой), Хотхэд (совершает плевок огнем на малое расстояние или пробивает защиту противника ударом головы в прыжке), Шреддер (наносит множественные комбо-удары или пускает энергетическую струю, стремительно движущуюся по земле).

Иногда над полем сражения будет пролетать механизм, на котором изображен Спринтер. Подлетев к середине экрана, механизм выпускает красный шар, подойдя к которому и совершив приседние, можно осеществить бросок, когда под вашим героем засветиться красный указатель, показывающий что

Различные режимы проведения боев, привлекут внимание со стороны игроков. Выбрав один из возможных вариантов Сюжет (игрок может выбрать бойца только из черепашек), Игрок против Игрока (или вдвоем), Игрок против Компьютера, Турнир (противостояние между заранее выбранными командами игроков и компьютеров), вы перейдете, непосредственно к иконкам бойцов.

В режиме Сюжет, в перерывах между несколькими боями, вас будет ожидать бонус-уровень, в котором вашему герою необходимо разбить пять деревянных стены, которые преграждают путь одна к другой. На уничтожение препятствий, бойцу отводиться всего тридцать секунд. Интересной особенностью является концовка за черепашек, в которой летающий механизм с изображением Спринтера разрушается и из него выпрыгивает сам учитель, поздравляющий четверку мутантов.