Игра G.I. Joe: The Atlantis Factor разработана компанией KID и выпущена Capcom эксклюзивно на приставке NES на территории США в 1992 году. Это сиквел к оригинальной игре G.I. Joe, которая вышла в 1991 году.

По прошествии года, после того, как команда пережили события, отображенных в первой части, члены G.I. обнаружили, что местонахождение бывшей штаб-квартиры Кобры было расположено прямо над затерянным континентом Атлантида. Используя огромный источник энергии, обнаруженный в глубинах этих руин, силам Кобры удалось вернуть Атлантиду на поверхность океана, воскресив Командующего Коброй. Теперь генерал Хок и небольшая команда проникновения должны найти и остановить Командующего Коброй, прежде чем он сможет раскрыть силу Атлантиды и захватить мир.

Геймплей игры похож на Bionic Commando. Игроку нужно проникнуть на засекреченные склады, где командир кобры разрабатывает смертельное оружие. Для этого придется пройти через оружейный комплекс, сражаясь с вражескими солдатами, вертолетами, дронами и хищными птицами.

Вместо того, чтобы выбирать команду из 3-х компаньонов вначале, игрок выступает за генерала Хока, который должен отыскать оставшуюся часть ударной силы на выполнение новой миссии. Но вполне возможно пройти игру, не используя все 6-ть играбельных персонажей. Персонажи имеют совершенно разные очки выносливости, которые можно увеличить, найдя специальные предметы в поле. Каждое из 5-ти видов вооружения, включая оружие ближнего боя, может достигать максимального уровня в 4-ре очка.

Все персонажи — чтобы получить всех членов команды, включая 2-х боссов (Дестро, Командир кобры), необходимо ввести следующие коды:
T9 P9 51 D1 Y4 Q2 F4
65 05 25 32 18 W9 B2

Все сложности — чтобы получить доступ к первому уровню любой сложности, необходимо ввести нижеприведенные пароли:

Easy (легко): B1 X5 04 M4 B7 W8 23 F9 P2 53 G8 L3 B9 53
Hard (сложно): ©1 73 55 H5 M2 ©3 Y7 N6 F2 M8 J2 P1 78 J6
Insane (безумно): ©1 87 31 C9 W7 T9 Y1 P5 G2 L3 B7 T5 46 D6

Последний уровень — введите следующий пароль для доступа к последней базе:

— —9 — — —2 — G—
— — — — — — —
—9 — -O- —O — —B —

— -C- — —W — — —1
—K — —Q — — L— —
— — — — 6— — —

Сложности игры — на самом деле игра содержит 3-ри уровня сложности, но по умолчанию игрок начинает на легком уровне сложности, хотя каждый раз, когда игрок проходит игру, то может перейти на следующую, более высокую сложность. Причем текущий уровень сложности сохраняется в отражаемых паролях. Существуют некоторые правила чтобы разблокировать более тяжелые уровни сложности:

Hard Mode (необходимо очистить все базы) — просто пройдите игру на Easy
Insane Mode (необходимо очистить все базы, без использования бонусов здоровья)