Месть Снейка, потребует множества попыток в преодолении уровней. Только тактика в нападении и ухождении от пуль, а также повышенная осторожность смогут привести главного героя дальше чем домыслы о Метал-Гир.

Группа специального назначения Фоксхаунд получает от шпиона информацию о наличие Метал-Гир на вражеской базе, находящейся в Ближнем востоке. Три года прошло с момента первой удачной вылазки. Начавшаяся операция 747, вновь предполагает транспортировку трех бойцов (Снейк, Ник, Джон) на базу противника, при помощи вертолета. Характеристики устройства, это единственное что стало известно группе бойцов. Метал-Гир-1 Код Код: ВРЦ-4; Количество мест: 1; Вес: 226 тонн; Высота: 7 метров; Скорость: 50 километров в час; Броня: 9 сантиметров; Сверхтяжелый танк, способный нанести ядерный удар в любую точку планеты.

Главный герой может перемещаться от одного экрана к другому, причем, совершать переходы на предыдущие экраны, иногда приходиться необходимым. Регенирирующиеся противники, выходят из края экрана, и немедленно стреляют по главному герою из оружия, создавая большую угрозу для него. Найденные закрытые двери, необходимо активировать при помощи карты-доступа, которую необходимо выбрать в инвентаре, вплотную встав к двери.

Противники представляют серьезную опасность. Их движения быстры и они могут стрелять по вам в разных направлениях, причем точность выстрела, по Снейку, всегда высокая. Враги за препятствиями и в окопах, могут быть уничтожены при помощи использования гранат, которые необходимо кидать используя цель, наводящуюся главным героем. Но главной проблемой уровней, тсанут боссы, которые совершают нападения при помощи сложных тактических вооружений. Некоторые из игровых экранов предполагают наличие автоматических шипов из пола, зарытых в песке мин, труб с ядовитым газом, опасных платформенных мостов, проваливающихся полов,

Снейк может нести нечеловеческое количество разных вещей, которое носит как целевой характер, так и просто является его координатором и защитой. Оружие —  смена основного и вторичного оружия, путем выбора столбика выбора: Удар рукой, Удар ножом, Пистолет, Автомат, Ракетница, Мина, Дробовик, Осветительный пистолет (для устранения темноты экрана), Граната, Пластит,  Растяжка, Глушитель, — относятся к данной категории. Экипировка — своеобразный инвентарь, в котором ведутся общие накопления предметов, найденных в игровом мире: Рацион (восстановление жизненных сил), Искатель мин, Оптические линзы, Силовая броня, Батарейка, Икс-Рэй камера (просвечиваю стены на наличие уязвимостей), Кислородный баллон, Амуниция, Карта 1-Карта 8, Бронежилет, Газ-правды, Антияд, Ботинки, Очки ночного видения, Антенна, Рюкзак. Рация —  содержит контакты для связи, при условии что уровень сигнала будет высоким, также можно просмотреть карту- местности, уже изведанной территории, где необходимая цель героя будет отмечена крестом. В случае разряда аккумулятора рации, вы останетесь без необходимого прибора.

Миссии, которые вы получите от командования, будут очень разнообразны, например, взрыв главного компьютера при помощи пластита, запускающий механизм самоуничтожения базы и отсчет таймера, дающего полторы минуты до обрушения массива, или освобождение связанных пленных, которых необходимо освободить по предписанию миссии.

Перемещаясь по уровню, вы можете наткнуться на некоторые моменты, предусматривающие смену вида с стандартного на 2Д, в котором вам необходимо более точно координировать движения Снейка. В основном, вам придется перепрыгивать и ползком преодолевать мины и ловушки, при создании 2Д перспективы.