Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project — третья видеоигра по вселенной Teenage Mutant Ninja Turtles, разработанная для NES.

Игра выпущенна в Японии как Teenage Mutant Ninja Turtles 2: The Manhattan Project, по той причине что оригинальная игра, Teenage Mutant Ninja Turtles была выпущенна для Famicom под другим названием, что сказалось на нумерации последующих двух игр. Версия игры для PAL не выпускалась, хотя это не повлияло на нумерацию игр в серии (Teenage Mutant Hero Turtles IV для SNES).

Черепашки наслаждаются отпуском в Майами и смотрят телевизионные новости, когда трансляция обрывается и на экране вместо Эйприл О’Нил вдруг появляется Шреддер. Он и Крэнг захватили остров Манхеттен, подняв его целиком в воздух, и взяли Эйприл в заложники. Черепашки прибывают в Нью-Йорк (по пути уничтожая толпы роботов-солдат), попадают на остров, проникают на Технодром и освобождают Эйприл, но Шреддер убегает на космический корабль Крэнга. Черепашки преследуют его, и на борту корабля им предстоит сразиться с Крэнгом и Супер-Шреддером.