Пошаговая стратегия Зоиды — Апокалипсис (Zoids — Mokushiroku), содержит множественные тактические элементы, с присутствующими аркадными боями. Вначале вы можете сделать выбор одной из двух сторон, которые будут участвовать в сражениях. Далее, необходимо будет выбрать иконку лидера, которых насчитывается трое для каждой из республик и при необходимости сделать его командиром отряда (будет присутствовать флажок над юнитом). Лимит времени, задает таймер сражения, который отсчитывает секунды до конца боя. Пятнадцать видов карт для сражения различаются открытой местностью, горной или присутствием материков.
Различные иконки на карте, способствуют получаемым эффектам на юнита: Ракета улучшает уровень вашего юнита, который будет участвовать в бою, в реальном времени. Иконка дрели, полностью ремонтирует вашу единицу, причем это можно делать множество раз, наезжая на нее.
Бои происходят в аркадном режиме, на небольшой карте, по которой вы, управляя движениями Зоида, будете выполнять атаку из пушек, а также избегать столкновений с вражеской единицей. Каждый бой ограничен определенным количеством времени, при окончании которого, бой оканчивается, а количество оставшихся жизней не восполняется.
